據介紹，莆田海洋中心既是海區局海洋中心，亦是地方海洋中心，由自然資源部東海局所屬的廈門海洋中心負責具體管理，莆田市人民政府指定市自然資源局協同管理，著力建立“優勢互補、信息共享、精準管控、保障有力”的海洋自然資源管理支撐體系。該中心的建立，對于健全高效有力的海洋自然資源長效監管機制和保障服務體系，精準把握國家海域海島及生態保護修復管理政策，推動海洋經濟高質量發展，加快推進建設海洋強市，促進海洋自然資源嚴格保護、有效修復和集約利用具有重要意義。
莆田海洋中心成立后，作為莆田市海洋自然資源管理支撐機構，將認真貫徹落實黨中央、國務院關于海域海島管理、生態保護修復支撐以及海洋生態預警監測體系建設精神，充分履行海域海島、生態保護修復管理技術支撐職能，健全長效監管機制，積極推動海洋自然資源高效利用和經濟社會綠色高質量發展。
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