國家海洋督察組在上海市發現的主要問題有：
一是長江口河口海域未及時劃界，相關區域未有效納入海域管理。2012年以來，在長江口區域9個灘涂整治項目、7個新建或擴建港口碼頭項目、29個采砂項目均未辦理相關用海手續，未依法開展海洋工程環境影響評價。
二是個別圍填海項目審批不規范、監管不到位。個別圍填海項目存在化整為零、分散審批現象。上海市臨港物流園區奉賢分區墾南圈圍工程等4宗項目，填海面積合計105.58公頃，在建設過程中，4個項目作為整體項目統一招投標、統一施工，將應由國家審批的項目變為地方直接審批。
三是近岸海域污染防治工作存在薄弱環節。近岸海域污染嚴重。上海市提供了98個陸源入海污染源，與督察組核查發現的148個陸源入海污染源存在差距。沿岸海域長期處于嚴重富營養化狀態，2012年至2016年劣四類水質面積平均比例高達70%。
督察強調，上海市政府應根據《海洋督察方案》要求，結合督察組提出的意見建議，抓緊研究制定整改方案，在30個工作日內報送至自然資源部，并在6個月內報送整改情況。?
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