《辦法》制定的總體思路是，以不動產登記為基礎，構建自然資源統一確權登記制度體系，對水流、森林、山嶺、草原、荒地、灘涂以及礦產資源等所有自然資源統一進行確權登記，逐步劃清全民所有和集體所有之間的邊界，劃清全民所有、不同層級政府行使所有權的邊界，劃清不同集體所有者的邊界，劃清不同類型自然資源的邊界，進一步明確國家不同類型自然資源的權利和保護范圍等，推進確權登記法治化。《辦法》包括總則、自然資源登記簿、登記一般程序，國家公園、自然保護區、濕地、水流等自然資源登記，登記信息管理與應用、附則共六章，以及《自然資源登記簿》樣式、《自然資源統一確權登記試點方案》兩個附件。

　　第一章 總則。規定了自然資源登記的目的、原則、范圍、與不動產登記的銜接關系、登記機構和屬地登記原則。在登記的范圍上，按照《生態文明體制改革總體方案》的表述，《辦法》對需要登記的自然資源通過列舉的方式予以明確，即規定對水流、森林、山嶺、草原、荒地、灘涂以及探明儲量的礦產資源等自然資源的所有權進行確權登記，并強調在不動產登記中已經登記的集體土地及自然資源的所有權不再重復登記。

　　第二章 自然資源登記簿。規定了自然資源登記簿的統一、登記單元劃分、登記簿的內容、登記簿附圖和管理要求。登記簿（《辦法》附件1）主要記載自然資源登記信息以及不動產權利關聯信息，并實現與不動產登記的有效銜接。這里重點說明兩個問題：

　　一是，關于自然資源登記單元的設定和劃分。自然資源登記單元是開展自然資源登記的基本單位，設定和劃分登記單元既要考慮與已經登記的集體土地所有權等不動產權利的邊界和行政界線無縫銜接，還要考慮與自然資源的管理界線進行銜接。因此，在設定和劃分時，既可以以一個完整的行政轄區為基礎，按照不同自然資源種類和在生態、經濟、國防等方面的重要程度以及相對完整的生態功能、集中連片等原則，劃分一個或者多個登記單元，也可以以國家公園、自然保護區、濕地、水流等特定空間作為單獨的登記單元。風景名勝區主要為旅游服務，相關設施已經在不動產登記中予以明確，自然資源統一確權登記不再涉及。

　　二是，關于國家自然資源所有權的權利主體。《憲法》第9條規定，“礦藏、水流、森林、山嶺、草原、荒地、灘涂等自然資源，都屬于國家所有，即全民所有”。《物權法》第45條規定，“國有財產由國務院代表國家行使所有權”。按照法律規定，國家自然資源所有權的權利人只能登記為“國家”或“全民”。同時，考慮在生態文明體制改革中，“健全國家自然資源資產管理體制”和“探索建立分級行使國家自然資源所有權的體制”這兩項改革任務正在推進，為與上述改革工作做好銜接，在自然資源登記簿設計時，設置了“所有權代表行使主體”和“所有權代表行使內容”等欄目，待兩項改革任務完成后，進行補充記載，為后續改革留下接口。

　　第三章 自然資源登記一般程序。規定了登記的類型、登記的程序、通告和公告、自然資源調查、登記審核和登簿等內容。其中，自然資源的分類和調查是自然資源登記的重要基礎。在目前的自然資源管理、保護等工作中，各部門形成了各自的自然資源分類體系，對自然資源類型的理解也不盡相同。但無論是哪種分類體系，都是以土地作為最基本的依托和基礎，要么以土地的形態存在，如山嶺、荒地、灘涂等，要么依附于土地而存在，如水流、森林、草原、礦產資源等。因此，對自然資源類型的登記，也應該以土地利用現狀分類為基礎。同時，考慮各部門的自然資源管理的特點、分類體系和需求，在不沖突、可銜接的情況下，可以同時在登記簿上記載其他自然資源分類的內容。對于登記單元內各類自然資源的調查工作，可以由所在地的縣級以上人民政府統一組織，具體由國土資源主管部門（不動產登記機構）會同相關資源管理部門實施。

　　第四章 國家公園、自然保護區、濕地、水流等自然資源登記。規定了國家公園、自然保護區、濕地和水流作為獨立自然資源登記單元如何辦理登記。

　　第五章 登記信息管理與應用。規定了自然資源登記信息依法向社會公開并納入不動產登記信息管理平臺，實現與相關管理部門互通共享。自然資源統一確權登記的目的在于加強國家所有自然資源的保護與監管，只有將確權登記的結果向全社會公開，才能實現全民參與、社會監督、共同保護的根本目的。因此，《辦法》要求除涉及國家秘密及不動產登記信息外，自然資源確權登記結果向社會公開，相關登記信息納入不動產登記信息管理基礎平臺，并與農業、水利、林業、環保、財稅等相關部門管理信息互通共享。

　　第六章 附則。規定了《辦法》的適用和解釋。

　　根據需要，擬開展自然資源統一確權登記試點工作，制定了《試點方案》（《辦法》附件2），主要包括總體要求、試點任務、試點區域、工作內容、時間安排和保障措施等六個方面，試點區域的選擇與相關改革充分銜接，覆蓋了國家公園體制改革區域、濕地和水流確權試點區域等，計劃在2018年上半年完成試點并總結。

　　最后特別強調一點，開展自然資源統一確權登記，不會限制地方發展空間，不會影響現有自然資源管理體制和格局，不會損害既有權利人合法權益，不會搞重復登記。在不動產登記基礎上開展自然資源統一確權登記，目的是為了劃清“四個邊界”，支撐建立歸屬清晰、權責明確和監管有效的自然資源資產產權制度，服務于自然資源的保護和監管，不會限制地方發展空間；開展自然資源統一確權登記，僅僅是確權登記的統一，行業管理職責仍在相關部門，不會影響自然資源管理現有體制和格局；自然資源確權登記不會損害既有權利人合法權益，如果涉及調整或限制已登記的不動產權利的，必須符合法律法規規定；對于已經納入《不動產登記暫行條例》的不動產權利，按照不動產登記的有關規定辦理，不會搞重復登記。